迷宫通关的核心在于合理规划路线、利用道具及属性克制。月见山是早期关键迷宫，需从入口处沿右侧路径前进，避开训练家战斗以节省资源。中层区域会出现分岔路，选择上方通道可快速抵达化石选择点（左侧化石盔，右侧菊石兽），此处建议存档避免误选。迷宫内隐藏道具包括技能机09种子机关枪和技能机46小偷，需用探宝器定位。遇到火箭队成员时优先击败其超音蝠，避免被黑色目光限制逃跑。
金黄市西尔夫大厦迷宫需要分阶段破解。首先乘电梯至5楼，沿红色标记路线激活传送点取得钥匙，随后返回电梯直达11楼BOSS战。关键技巧在于避开3楼和7楼的冗余路线，直接通过传送点节省时间。击败火箭队首领后可获得大师球，建议保留用于捕捉急冻鸟或超梦。迷宫内隐藏道具升级糖位于5楼左侧办公区，需用怪力推动书架触发。
初始区域需将第一块岩石推至白色机关，绕行至上层后分两路：左侧通道用怪力术压制双机关开启捷径，右侧需将三层岩石推落至底层组成通路。最复杂区域需连续推动四块岩石形成Z字形路径，期间注意避开训练家的暴鲤龙与铁甲暴龙。迷宫尽头前的洞穴需使用闪光术照明，此处可捕捉Lv50左右的勇吉拉与豪力。
双子岛迷宫以水系精灵为主，需携带足够解冻药。冰面滑行区域按上-左-下-右循环顺序移动可抵达急冻鸟洞穴，途中隐藏道具不化冰位于东南角碎冰下方。B2F的漩涡区需用冲浪术精确控制方向，避开六个连续漩涡后可见到隐藏的王者之证。迷宫最深处的急冻鸟建议使用麻痹状态配合高级球捕捉，其Lv50的暴风雪技能可能造成冰冻效果。
首次进入时用西尔夫望远镜识破幽灵真身，三层以上需用解毒药应对鬼斯的剧毒技能。顶层营救富士老人后获得宝可梦笛，用于唤醒16号道路的卡比兽。二次探索时七层右侧房间可拾取稀有道具灵界之布，使彷徨夜灵进化。该迷宫的特殊机制在于每层西北角墓碑可能触发随机野生幽灵系精灵战斗。
后期迷宫如七岛遗迹需注意地形互动。第四岛的冰瀑洞窟需用怪力术调整冰柱位置制造通路，每破解三个冰柱谜题会出现隐藏道具冰冻岩石。第六岛遗迹山谷的九个石室需按水-火-草属性顺序激活机关，最终房间可学习技能机26地震。迷宫通关后建议立即前往最近的宝可梦中心恢复状态，部分迷宫如诞生之岛会重置地形需重新破解。
