阵容搭配的核心在于平衡输出、防御、辅助和控制能力。根据游戏版本和模式的不同，主流阵容通常围绕SS级或SSS级忍者展开，例如漩涡鸣人（九尾模式）、宇智波佐助（须佐能乎）、春野樱（百豪形态）等主角系忍者，以及宇智波斑、千手柱间等传奇角色。这些角色凭借高爆发伤害或全能属性成为阵容基石，而平民玩家则需通过SS级平替角色如山中井野、照美冥等实现类似功能。
阵容构建需遵循属性相克原则，雷、火、土、水、风五种属性存在明确的克制关系。例如雷属性克制土属性，但被风属性压制。实战中需根据敌方阵容调整己方角色，如面对土属性为主的队伍时，优先选择雷属性的卡卡西（神威）或奇拉比（八尾模式）。技能联动性也至关重要，例如宇智波鼬的天照可搭配春野樱的治疗技能形成攻守兼备的体系，而大野木的尘遁结界则能限制敌方奥义释放。
对于竞技场和斗祭模式，先手控制与生存能力是胜负关键。推荐搭配1-2名带控制技能的忍者如宇智波鼬（月读）、鹿丸（影子模仿术），配合高防御角色如我爱罗（沙之盾）或纲手（百豪再生）。特殊模式如恶灵之影需针对性选择飞段（死司凭血）等拥有必中技能的忍者，或通过罗砂的结界抵消负面效果。注意自动战斗中查克拉管理和站位布置，避免前排过早溃败导致阵容崩溃。
通过千手扉间（飞雷神）、佐井（超兽伪画）等角色加速查克拉恢复和普攻增益，搭配无秽土转生的分裂体或赤色岩拳的护盾机制提升持续作战能力。饰品选择以猿王天龙等增加抗性或暴击率的套装为主，优先强化忍术和抗性属性。对于新手玩家，建议初期集中资源培养2-3名核心忍者，逐步向多属性混合阵容过渡。
